R은 벨 연구소 Becker 등에 의해 개발됐던 S language를 기반으로 통계 계산, 시각화를 위한 프로그래밍 언어를 포함한 개발환경이다. S language를 이용한 Insightful사의 S+는 S 언어를 이용한 상업용 소프트웨어이고, R은 공개소프트웨어 기반의 소프트웨어 이다.
(jupyter_p310) PS C:\Users\andro> jupyter-lab --no-browser .\jupyter-work\ ... [I 2022-05-2403:27:03.847 ServerApp] Serving notebooks from local directory: C:\Users\andro\jupyter-work [I 2022-05-2403:27:03.847 ServerApp] Jupyter Server 1.17.0 is running at: ... To access the server, open this file in a browser: file:///C:/Users/andro/AppData/Roaming/jupyter/runtime/jpserver-4664-open.html OrcopyandpasteoneoftheseURLs: http://localhost:8888/lab?token=866bdd9bed841f4dafc5c431a7ffcd4b01f516e4583f38d7 orhttp://127.0.0.1:8888/lab?token=866bdd9bed841f4dafc5c431a7ffcd4b01f516e4583f38d7 [W 2022-05-24 03:28:04.189 LabApp] Couldnotdeterminejupyterlabbuildstatuswithoutnodejs
원격 접속등을 위해서 비밀번호를 사용한다. 그러기 위해서 구성 파일을 통해서 비밀번호, 포트 번호등을 설정해야 한다.
generate-config
Jupyter Lab 에서 설정 파일을 생성한다. 다음 명령으로 각각 $HOME/.jupyter/ 위치에 jupyter_notebook_config.py 파일이 생성된다.
1
(daeshin_hts)> jupyter lab --generate-config
jupyter_notebook_config.py 설정 파일에 비밀번호를 추가하려면 비밀번호를 생성하는데 jupyter 명령과 python 명령에서 생성하는 2가지 방법이 있다.
1) jupyter 명령으로 패스워드 생성
첫번째로 아래는 쥬피터 폴더에 있는 파일 ‘jupyter_notebook_config.json’에 패스워드를 생성해 준다.
1 2 3
(daeshin_hts)$ jupyter notebook password Enter password: Verify password: [NotebookPasswordApp] Wrote hashed password to $HOME\.jupyter\jupyter_notebook_config.json
위 명령으로 jupyter_notebook_config.json에 암호가 생성되면 “”sha1:723c…” 로 시작하는 패스워드 해시코드를 복사한 후 jupyter_notebook_config.py 파일의 c.NotebookApp.password 항목에 입력을 한다.
2) python 명령으로 비밀번호 생성
비밀번호 설정 다른 방법으로 파이썬에서 passwd 모듈을 실행해서 비밀번호를 얻을 수 있습니다.
1 2 3 4 5 6 7
(daeshin_hts)$ python >> from notebook.auth import passwd >> passwd() >> Enter password: >> Verify password:
'sha1:********'
출력되는 sha1 암호문자열을 복사해서 사용하시면 됩니다.
1 2 3 4 5
[jupyter_notebook_config.py]
c.NotebookApp.password = 'sha1:*********'# 외부 접속시 사용할 비밀번호 c.NotebookApp.ip = '*'# 어디서든 접속 가능 c.NotebookApp.port = 8888 # 접속에 사용할 포트
Powershell Openssh 설치
윈도우에 원격 접속해서 HTS를 위한 파이썬 가상환경에서 jupyterlab을 실행할 필요가 있다. 이때 윈도우 파워쉘에서 openssh 설치하고 연결한 후에 administrator 계정으로 관리자 모드로 jupyhter 를 실행한다.
pyenv 와 Anaconda 를 사용하려고 한다. pyenv로 배포본을 관리를 하고, 특정 Local 에서 Anaconda 를 사용하려고 한다.
개발환경은
Ubuntu 16.04 or later
Windows 7 or later
macOS 10.12.6 (Sierra) or later (no GPU support)
Raspbian 9.0 or later
Pyenv 로 기본 python 환경을 사용하고 더해서 Anaconda 를 설치해서 사용하려고 한다.
1. pyenv - Anaconda 설치
Pyenv로 설치 할 anaconda 버전을 확이한다.
1
$ pyenv install -l | grep anaconda
anaconda 를 설치한다
1 2
$ pyenv install anaconda3-2021.05 ...
Anaconda 활성화
1 2 3 4
$ pyenv versions system * 3.9.5 (set by /home/qkboo/.pyenv/version) anaconda3-2021.05
Local 명령을 사용해서 특정 디렉토리에서만 anaconda 환경을 쓰려고 한다.
1 2 3 4
~$ cd Jupyter-ML ~$ pyenv local anaconda3-2021.05 $ cat .python-version anaconda3-2021.05
Anaconda init
쉘 환경에서 conda 를 사용하기 위해서 환경변수를 초기화 해야 하는데 다음 명령으로 실행한다.
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
$ conda init bash no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/condabin/conda no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/bin/conda no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/bin/conda-env no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/bin/activate no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/bin/deactivate no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/etc/profile.d/conda.sh no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/etc/fish/conf.d/conda.fish no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/shell/condabin/Conda.psm1 no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/shell/condabin/conda-hook.ps1 no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/lib/python3.7/site-packages/xontrib/conda.xsh no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/etc/profile.d/conda.csh modified /Users/qkboo/.bash_profile
==> For changes to take effect, close and re-open your current shell. <==
$ pyenv versions system 3.8.1 * anaconda3-5.3.1 (set by /Users/qkboo/.pyenv/version)
일반적으로 Anaconda 만을 사용한다면 설치후 사용자 쉘 환경에서 conda 를 사용하기 위해서 환경변수를 초기화 해야 하는데 다음 명령으로 실행한다.
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
$ conda init bash no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/condabin/conda no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/bin/conda no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/bin/conda-env no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/bin/activate no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/bin/deactivate no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/etc/profile.d/conda.sh no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/etc/fish/conf.d/conda.fish no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/shell/condabin/Conda.psm1 no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/shell/condabin/conda-hook.ps1 no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/lib/python3.7/site-packages/xontrib/conda.xsh no change /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/etc/profile.d/conda.csh modified /Users/qkboo/.bash_profile
==> For changes to take effect, close and re-open your current shell. <==
위 명령은 아래 환경 변수가 작용해서 conda 의 가상환경을 다루는 쉘 스크립을 실행해 준다.
보통 conda init 를 해주면 쉘 스크립의 마지막 위치에 삽입된다. 그러므로 .bash_profile 에 있는 pyenv 초기화가 항상 마지막에 실행되도록 하자.
1
pyenv 와 anaconda 환경의 전환 정리
Examples of managing virtual environments.
1 2 3 4 5 6
# virtual environments from pyenv pyenv install 3.6.9 pyenv virtualenv 3.6.9 new-env pyenv activate new-env pyenv deactive # You can also use `pyenv local`
1 2 3 4 5
# virtual environments from conda conda create -n new-env python=3.6 conda env list conda activate new-env conda deactivate
1
1
anaconda 패키지와 환경관리를 할 수 있는 conda 명령어 몇가지를 소개
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11
// 아나콘다의 버전 확인 conda --version
// 아나콘다 버전 업데이트 conda update conda
// 설치된 패키지 리스트 conda list
// conda 통해 설치 가능한 패키지 검색 conda search "tensorflow"
conda에서 개발 준비하기
Anaconda 설치가 완료되면 conda 명령으로 TensorFlow를 사용할 환경을 구성하고 사용해 보자.
conda 툴을 사용하는 anaconda, miniconda 가 혼재된 환경에서 pyenv로 가상환경을 즉시 활성화 시키면 conda 명령 실행에 혼선을 일으킨다. 예를 들어 위의 가상환경 anaconda3-5.3.1/envs/opencv4 을 pyenv로 활성화 하고 python, conda 명령을 실행해 보면
1 2 3 4 5
~$ pyenv shell opencv4 ~$ pyenv version opencv4 (set by PYENV_VERSION environment variable) ~$ which python /Users/qkboo/.pyenv/shims/python
가상환경의 python 위치를 확인해 보고, conda 명령을 찾아 보자,
1 2 3 4 5 6 7 8 9
~$ pyenv which python /Users/qkboo/.pyenv/versions/opencv4/bin/python $ pyenv which conda pyenv: conda: command not found
The `conda' command exists in these Python versions: anaconda3-5.3.1 miniconda3-latest
pyenv 환경 아래 2개의 conda 때문에 혼선이 나타난다.
예를 들어 현재 쉘 환경에서 파이썬 환경 ananconda3-5.3.1 을 사용하도록 하고, conda 를 확인해 보면 명확하게 해당 파이썬 환경의 anaconda 의 가상환경을 가르키지만! conda env 명령의 결과는 다르게 나타낸다. anaconda 뒤에 minicond를 설치해서 miniconda 가상환경이 우선으로 나타난다.
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
~$ pyenv shell anaconda3-5.3.1 ~$ pyenv which conda /Users/qkboo/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/bin/conda ~$ conda env list # conda environments: # base * /Users/qkboo/.pyenv/versions/miniconda3-latest deep_learning /Users/qkboo/.pyenv/versions/miniconda3-latest/envs/deep_learning django3 /Users/qkboo/.pyenv/versions/miniconda3-latest/envs/django3 tf24_cpu /Users/qkboo/.pyenv/versions/miniconda3-latest/envs/tf24_cpu tf2_p37 /Users/qkboo/.pyenv/versions/miniconda3-latest/envs/tf2_p37 tkinter /Users/qkboo/.pyenv/versions/miniconda3-latest/envs/tkinter
그래서 가상환경 활성화시 가상환경 디렉토리를 지정해서 사용하자!
그래서 anaconda 와 miniconda 환경을 활성화 시키려면 shell, local, system 명령을 통해 설치된 파이썬 환경을 활성화 하고, 해당 파이썬 환경에서 가상환경을 다루는 것이 좋다.
예를 들어 현재 쉘 환경에서 파이썬 환경 ananconda3-5.3.1 을 사용하도록 실제 가상환경 위치를 지정해서 활성화 한다.
virtualenv를 사용하면 파이썬 런타임의 독립성을 한층 더 높일 수 있습니다. pyenv가 파이썬 버전을 관리하는 기능을 제공한다면, virtualenv는 파이썬 구동 환경을 관리합니다. pyenv를 이용하면 컴퓨터에 파이썬 버전 별로 1개의 파이썬 런타임을 설치하고 관리할 수 있습니다. virtualenv를 사용하면 파이썬 버전을 세분화하여 여러 개별 환경으로 구분하여 관리하는 기능을 제공합니다. 예를 들어서 python 3.5.2 런타임을 여러개 구성할 수 있고, 애플리케이션 별로 할당할 수 있습니다. 따라서, pyenv와 virtaulenv를 사용하면 매우 효과적입니다. 이러한 이유로 pyenv의 virtualenv 플러그인을 사용하는 것이 일반적입니다. pyenv-virtualenv 프로젝트는 https://github.com/yyuu/pyenv-virtualenv 에서 개발되고 있습니다.
pyenv-virtualenv 설치
pyenv-virtualenv는 OS별로 다음과 같이 설치할 수 있습니다.
macOS
pyenv-virtualenv 설치: homebrew
OS X는 homebrew를 이용하여 설치할 수 있습니다.
1
$ brew install pyenv-virtualenv
리눅스 pyenv-virtualenv 설치
pyenv를 pyenv-installer로 설치할 때 pyenv-virtualenv 설치가 포함됩니다. pyenv-installer로 pyenv가 설치되었다면 별도의 조치가 필요 없습니다.
pyenv로 virtualenv 생성
다음과 같은 명령으로 파이썬 환경을 구성합니다.
1
$ pyenv virtualenv <vertualenv-name>
은 생략 가능합니다. 버전을 생략할 경우 현재 시스템 버전으로 가상환경이 설정됩니다. virtualenv 플러그인으로 만든 가상환경인 경우 activate, deactivate 명령을 이용하여 활성화/비활성화합니다. 가상환경을 활성화/비활성화를 위해서는 다음 명령을 사용합니다.
1
$ pyenv activate <vertualenv-name>
가상환경 종료는 다음 명령을 사용합니다.
1
$ pyenv deactivate
가상환경을 삭제할 경우 다음과 같은 명령을 사용합니다.
1
$ pyenv uninstall <version>/<vertualenv-name>
버전을 설치해 봤으니 그 버전 위에 올라갈 virtualenv를 설치해보도록 하자. test라는 이름을 가진 virtualenv를 3.5.2버전 위에 설치해보자.
pyenv virtualenv [VERSION_NAME] [VIRTUALENV_NAME] 형식으로 입력해주면 된다.
1
$ pyenv virtualenv 3.5.2 test_virtualenv
1 2 3 4 5
$ pyenv versions
* system (set by PYENV_VERSION environment variable) 3.5.2 3.5.2/env/test_virtualenv
versions명령어로 3.5.2 위에 test_virtualenv라는 환경이 설치된 것을 확인할 수 있다.
쓰고있는 버전을 옮기려면 똑같이 shell 명령어를 사용하면 된다. activate명령어를 이용해도 된다.
1
$ pyenv shell[or activate] test
shell 명령어는 Python의 버전과 virtualenv에 모두 적용할 수 있는 명령어이고, activate 명령어는 virtualenv에만 사용이 가능하다. shell을 이용해서 다른 버전이나 virtualenv를 사용중이라면 pyenv shell system을 이용하여 기본 버전으로 되돌아올 수 있고, activate를 이용하여 virtualenv를 사용중이라면 pyenv deactivate를 이용하여 사용중인 virtualenv에서 나올 수 있다.
requirements.txt 생성
test를 하나의 Python 프로젝트라고 생각하자. 이곳에 프로젝트에 필요한 package들을 설치해야 한다. pip로 Django를 설치하고, freeze로 package들 목록을 추출해보자.
requirements.txt에 Django==1.10.1라고 현재 설치된 package가 적혀있다. 이는 pyenv파일에 독립적으로 설치된 package이고, 다른 virtualenv나 버전으로 옮기면 사용할 수 없게 된다. 이로써 의존성 관리 문제를 해결 하게 된 것이다.
다른 개발 환경에서 프로젝트에 설치된 패키지를 동기화하려면 virtualenv를 만들고, shell명령어로 사용 설정을 한 뒤에, requirements.txt파일을 받아서 다음과 같은 명령어를 입력한다.
1
$ pip install -r requirements.txt
requirements.txt라는 이름은 반드시 정해진 것이 아니라 package목록을 담는 파일이름으로 관습적으로 사용하는 것이다.
귀차니즘: autoenv
pyenv-virtualenv의 단점은 가상환경을 활성화하기 위해서 pyenv activate를 실행해야 한다는 것입니다. autoenv는 Python 프로젝트 진입시점시에 자동으로 virtualenv 환경 로딩하는 기능을 제공합니다. 가상 환경 활성화에 대한 귀차니즘을 없앨수 있습니다.
위에까지가 Python에만 종속되는 내용이었고, 이번에 설치할 autoenv는 Python뿐만 아니라 모든 명령어에 적용할 수 있다. 다음과 같은 명령어로 설치한다.
$ brew install autoenv 이번에도 .bash_profile에 설정을 해줘야한다. 다음과 같은 내용을 맨 밑에 넣어준다.
source $(brew –prefix autoenv)/activate.sh autoenv를 이용한 자동화
autoenv는 터미널에서 디렉토리에 접근할 시에, .env파일을 찾아서 그 내용을 자동으로 실행시켜주는 간단한 기능이다. 그렇다면 test디렉토리를 만들어서, 디렉토리에 들어올 때 바로 test_virtualenv virtualenv로 설정되게 해보자! 명령어 한 줄을 입력하는 귀찮음을 덜 수 있는 것이다.
$ mkdir test_virtualenv $ cd test_virtualenv $ vim .env .env파일안에 다음과 같은 내용을 입력하자.
pyenv shell test_virtualenv 제일 먼저 디렉토리에 들어가게 되면, .env의 내용을 실행할 것인지 물어보게 된다. 이 때 ‘y’를 입력해서 계속 실행되게 해야한다.
이제 터미널에서 test폴더에 들어갈 때마다 자동으로 test_virtualenv virtualenv를 쓰게 될 것이다! autoenv는 이것 뿐만 아니라 다른 분야에도 무궁무진하게 적용할 수 있다.
pyenv를 OS X(맥)에 설치하기 위해서는 xcode command line tools과 zlib가 먼저 설치되어 있어야 합니다. xcode command line tools과 zlib를 OS X에서 설치하는 명령은 다음과 같습니다. 두 명령을 터미널 상에서 실행합니다.
macoS는 homebrew 를 설치해서 사용하는 것을 가정하고 homebrew로 시스템 python 을 설치한다
pyenv를 OS X(맥)에 설치하기 위해서는 xcode command line tools과 zlib가 먼저 설치되어 있어야 합니다. xcode command line tools과 zlib를 OS X에서 설치하는 명령은 다음과 같습니다. 두 명령을 터미널 상에서 실행합니다.
pyenv-installer 를 이용하여 pyenv를 설치하면, 다음과 같은 pyenv 플러그인도 설치됩니다.
pyenv-doctor
pyenv-pip-rehash
pyenv-update
pyenv-virtualenv
pyenv-which-ext
pyenv-installer는 pyenv 설치 스크립트 입니다. rbenv-installer의 스타일을 빌려서 만든 것입니다. pyenv-installer는 리눅스용 쉘 스크립트 파일입니다. pyenv-installer를 이용하여 pyenv를 설치하기 위해서는 curl과 git이 사전에 설치되어 있어야 합니다.
pyenv {sub-command} [{parameters}….] pyenv가 제공하는 서브 명령은 다음과 같습니다.
서브 명령
설명
local
현재 디렉터리에 python 버전 확인 및 python 버전 지정
global
전역으로 설정된 python 버전
shell
shell에 파이썬 버전을 지정
install
python-build를 이용하여 파이썬 버전을 설치
uninstall
지정한 버전의 파이썬을 삭제
version
현재 활성화된 파이썬 버전 출력
versions
pyenv로 설치되어 이용 가능한 버전을 출력
which
활성화된 파이썬 명령의 위치 출력
whence
지정한 명령을 포함하는 모든 파이썬 버전 출력
버전 설치
pyenv로 설치할 수 있는 버전의 목록을 보려면 다음과 같은 명령어를 입력한다.
1
$ pyenv install --list
[list들] 엄청나게 많은 버전들이 있을텐데, 여기서는 현재 최신 버전인 3.5.2버전을 설치하도록 하겠다. (목록에서 위로 올리다 보면 있다)
1
$ pyenv install 3.5.2
이렇게 하면 설치가 완료된다. 설치하는데에 시간이 조금 오래 걸린다. 설치된 목록을 확인하려면 다음과 같은 명령어를 입력한다.
1 2 3 4
$ pyenv versions
* system (set by PYENV_VERSION environment variable) 3.5.2
shell 명령
설치된 버전은 pyenv versions 명령으로 나타나고, 버전 이름 맨 앞의 *표시는 현재 사용하고 있는 Python버전이다. 현재 쉘에서 다른 버전으로 옮기려면 shell 명령어를 입력한다.
1
$ pyenv shell 3.5.2
Uninstall
This is handy because removing these versions is trivial:
1
$ rm -rf ~/.pyenv/versions/2.7.15
Of course pyenv also provides a command to uninstall a particular Python version:
1
$ pyenv uninstall 2.7.15
Global & Local
시스템 수준의 버전 지정은 global 명령과 local 명령으로 지정할 수 있다.
global 글로벌 설정
pyenv를 시스템 수준의 python 버전을 설정해서 시스템의 기본 파이썬 버전으로 지정할 때 유용하다.
다음은 컴퓨터의 글로벌 파이썬 버전을 파이썬 2.7.12에서 새로 설치한 파이썬 3.5.3으로 변경하는 예입니다. 아래 명령을 수행한 후, python을 실행하면 Python 3.5.3 버전이 실행됩니다
1 2 3
$ pyenv versions * system 3.5.3 (set by /Users/qkboo/.pyenv/version)
1 2 3 4 5 6 7 8 9
$ python --version ## 현재 파이썬 버전 Python 2.7.12 $ pyenv global 3.5.3 ## 글로벌 파이썬 설정 변경 $ python --version ## 현재 파이썬 버전 Python 3.5.3 $ pyenv versions ## pyenv 활성 버전 확인 system * 3.5.3 (set by /Users/qkboo/.pyenv/version) $
global 명령을 내리면 ~/.pyenv/version 파일을 해당 버전으로 지정한다
local 로컬 설정
특정 디렉터리에 활성화되는 파이썬 버전을 지정할 수 있습니다. 그리고 로컬 디렉토리 이외에서는 global 설정이 적용됩니다.
$ pyenv versions ## global 설정 3.5.3 system 2.7.13 * 3.5.3 (set by /home/opc/.pyenv/version)
$ python -V ## Global 파이썬 버전 Python 3.5.3 $ mkdir py2.7 $ cd py2.7/ $ pyenv local 2.7.13 ## local 설정 2.7.13 [py2.7]$ python -V Python 2.7.13 [py2.7]$ ls -al total 12 drwxrwxr-x 2 opc opc 4096 Sep 8 01:47 . drwx------. 10 opc 500 4096 Sep 8 01:47 .. -rw-rw-r-- 1 opc opc 7 Sep 8 01:47 .python-version [py2.7]$ cat .python-version ## local 설정 파일 2.7.13 [py2.7]$ cd .. ## global 설정 3.5.3 $ python -V Python 3.5.3 [opc@b4b8b6 ~]$
“pyenv local“를 실행하면 해당 디렉터리에 .python-version 파일이 생기고 이 파일에 활성화될 파이썬 버전이 기록됩니다.
Test suite
Pro Tip: A great way to get peace of mind that the version of Python you just installed is working properly is to run the built-in test suite:
1 2
$ pyenv global 3.8-dev $ python -m test
This will kick off lots of internal Python tests that will verify your installation. You can just kick back and watch the tests pass.
Using your environment in IDEs
If you are not as sehell person, you can also use pyenv with your favourite IDE. Many editors and IDEs are aware of pyenv environments and will detect them for you. Then you will be able to select the environment for your current workspace from a dropdown menu.
To control whether or not each shell session has the base environment activated or not, run conda config –set auto_activate_base False or True. To run conda from anywhere without having the base environment activated by default, use conda config –set auto_activate_base False. This only works if you have run conda init first.